Reprodução e Inimigos naturais

Um morcego Artibeus cinereuscuidando do seu filhote debaixo de uma tenda feita em uma folha, na Reserva Michelin, Brasil

Um morcego recém-nascido se agarra à pele da mãe e é transportado, embora logo se torne grande demais para isto. Seria difícil para um adulto carregar mais de uma cria, portanto normalmente nasce apenas uma. Os morcegos freqüentemente formam colônias-berçário, com muitas fêmeas dando à luz na mesma área, seja uma caverna, um oco de árvore ou uma cavidade numa construção. A gestação dura de dois (em algumas espécies demorcegos frugívoros) a sete meses (em morcegos hematófagos), variando conforme a espécie. Em algumas espécies duas glândulas mamárias estão situadas entre o peito e os ombros (axilares), mas também podem ser peitorais ou abdominais.
Embora a habilidade de voar seja congênita, imediatamente após o nascimento as asas ainda são pequenas demais para voar. Os jovens morcegos da ordem Microchiroptera se tornam independentes com a idade de seis a oito semanas, os da ordem Megachiropteranão antes dos quatro meses. Com a idade de dois anos os morcegos estão sexualmentemaduros.
A maioria dos morcegos tem apenas um filhote por gestação e de uma a duas gestações por ano. Há exceções como os morcegos do gênero Lasiurus, que costumam ter quadrigêmeos, e alguns morcegos Myotis, que podem ter três ou quatro gestações por ano^[10]. A expectativa de vida do morcego vai de quatro a trinta anos, variando muito conforme a espécie^[11]. Morcegos que se alimentam de plantas costumam ter sua sazonalidade reprodutiva influenciada pela oferta dos frutos ou flores de que mais gostam, porém em alguns locais as variações no clima podem ser muito importantes^[12].

Inimigos naturais

Os morcegos pequenos são às vezes presas de corujas e falcões. De maneira geral, há poucos animais capazes de caçar um morcego. Na Ásia existe um tipo de falcão que se especializou em caçar morcegos. O gato doméstico é um predador regular em áreas urbanas, pega morcegos que estão entrando ou deixando um abrigo, ou no chão. Poucos morcegos descem ao chão para se alimentar, salvo casos observados nos gêneros Artibeuse Centurio. Morcegos podem ir ao chão devido a acidentes enquanto estão aprendendo a voar, em tempo ruim, como estratégia de aproximação ou então quando estão doentes. Também existem relatos de algumas espécies de sapos e lacraias cavernícolas que predam morcegos, além, é claro, de morcegos carnívoros maiores, especialmente da triboVampirinii, que se alimentam dos menores. Marsupiais neotropicais, como gambás e cuícasda família Didelphidae, também costumam predar morcegos. Cobras também são importantes predadores de morcegos^[13].
Os piores inimigos dos morcegos são os parasitas. As membranas, com seus vasos sangüíneos, são fontes ideais de alimento para pulgas e carrapatos. Alguns grupos de insetos sugam apenas o sangue de morcegos, por exemplo as moscas-de-morcego, pertencentes às famílias Streblidae e Nycteribiidae. Nas suas cavernas os morcegos ficam pendurados muito próximos, portanto é fácil para os parasitas infestar novos hospedeiros.